Ngày 14 tháng 3 năm 2004, Putin thắng cử nhiệm kỳ hai với 71 phần trăm số phiếu bầu. Một lần nữa các kênh truyền hình lại thực hiện một chiến dịch tuyên truyền một phía ủng hộ Putin, đa số chúng đều là các kênh do nhà nước sở hữu hay kiểm soát. Tuy nhiên, chiến dịch tranh cử và việc kiểm phiếu đều được các phái đoàn của Văn phòng vì các Thể chế Dân chủ và Nhân quyền thuộc Tổ chức An ninh và Hợp tác châu Âu tuyên bố là "tự do và công bằng".

Ngày 13 tháng 9 năm 2004, sau vụ Khủng hoảng con tin trường học tại Beslan, và những vụ tấn công hầu như đồng thời của những kẻ khủng bố Chechnya vào Moskva, Putin đã đưa ra một sáng kiến nhằm thay thế cuộc bầu cử các thống đốc vùng bằng một hệ thống theo đó họ sẽ được Tổng thống đề cử và được chấp nhận hay không bởi các cơ quan hành pháp địa phương. Những người phản đối sáng kiến này, gồm cả Mikhail Gorbachev, Boris Yeltsin, và Colin Powell, những người chỉ trích coi đó là một bước xa rời dân chủ ở Nga và quay lại với bộ máy tập trung trung ương thời kỳ Xô viết. Cùng ngày hôm đó, Putin đã công khai ủng hộ kế hoạch của Ủy ban Bầu cử Trung ương về việc bầu các đại biểu Duma dựa hoàn toàn trên sự giới thiệu từ các vùng, chấm dứt một nửa các cuộc bầu cử đại biểu tại các đơn vị chỉ bầu một người.

Ngày 25 tháng 4 năm 2005, Putin đã gây ra một số cuộc tranh luận, khi trong một bài phát biểu trước Quốc hội, được phát trên truyền hình quốc gia đã coi sự sụp đổ của Liên bang Xô viết như là "thảm họa địa chính trị lớn nhất thế kỷ." Lời nói này được phương Tây và một số nước xung quanh nhìn nhận với thái độ chỉ trích; sau này Putin đã nói rõ rằng ông không hẳn ca ngợi Liên bang Xô viết cũ mà chỉ muốn nhấn mạnh tới ảnh hưởng mạnh mẽ của sự sụp đổ này trên thế giới, đặc biệt với kinh tế và đời sống người dân từ các nước cộng hòa thuộc Liên Xô cũ [20] và sự dịch chuyển dân cư một phần gây ra từ tình cảm chống Nga tại nhiều nước cộng hòa đó. Trước năm 2005, ngày kỉ niệm Cách mạng tháng Mười 7/11 hàng năm là ngày nghỉ lễ trên toàn nước Nga. Tuy vậy kể từ năm 2005 ngày nghỉ lễ 7/11 tại Nga đã bị Putin bãi bỏ và chỉ còn là một ngày bình thường.

Một trong những khía cạnh gây tranh luận nhiều nhất trong nhiệm kỳ thứ hai của Putin là việc truy tố người giàu nhất nước Nga, Mikhail Khodorkovsky, Chủ tịch công ty dầu mỏ Yukos. Trong khi đa phần phương tiện truyền thông quốc tế coi đó là một hành động chống lại một người từng cung cấp tài chính cho các đối thủ chính trị của Kremlin, chính phủ Nga tuyên bố rằng Khodorkovsky trên thực tế đã thực hiện hành vi mua chuộc phần lớn đại biểu Hạ viện Nga, ngăn chặn việc đưa ra những sửa đổi về thuế nhằm kiếm lợi ích riêng. Chắc chắn rằng, những vụ tư nhân hóa trước đó, gồm cả việc tư nhân hoá Yukos, đều được coi là có sự gian dối (Yukos, được định giá 30 tỷ dollar năm 2004, từng được định giá bán cho Khodorkovsky chỉ có 110 triệu dollar), và giống như những nhóm chính trị đầu sỏ khác, cái tên Yukos-Menatep luôn gắn liền với những lời buộc tội có liên quan tới các tổ chức tội phạm. Những đầu sỏ tài phiệt khác, từng thiết lập được quan hệ tốt với Kremlin, như Roman Abramovich và Vladimir Potanin, không bị đặt vấn đề nghi vấn tài sản ở mức độ như vậy.

Khi nhiệm kỳ thứ 2 sắp kết thúc, nhiều người đã đề nghị sửa đổi Hiến pháp Nga để cho phép Putin ra tranh cử Tổng thống lần thứ 3. Tuy nhiên ông đã từ chối điều này và tuyên bố dù không ở cương vị tổng thống, ông vẫn muốn có ảnh hưởng đến tình hình chính trị của nước Nga. Trong cuộc bầu cử Duma năm 2007, Đảng Nước Nga Thống nhất (Единая Россия) do ông đứng đầu đã chiến thắng với 64,5% số phiếu ủng hộ, qua đó để ngỏ khả năng ông lên làm Thủ tướng hoặc Chủ tịch Duma. Ngày 10 tháng 12 năm 2007, Putin tuyên bố ủng hộ Phó thủ tướng Dmitry Medvedev trở thành người kế nhiệm mình.[21] Ngay lập tức, Dmitry Medvedev đề nghị Putin trở thành thủ tướng nếu ông trúng cử Tổng thống.[22] Ngày 17 tháng 12, Putin tuyên bố đồng ý nắm chức thủ tướng sau cuộc bầu cử năm tới.[23]

Dù có nhiều thành tựu nhưng dưới thời Putin các chỉ số khả năng cạnh tranh và điều kiện kinh doanh chưa có nhiều cải thiện, tham nhũng lại gia tăng. Sự phát triển kinh tế hiện nay của nước Nga phần lớn là do giá dầu tăng nhiều hơn là do hiệu quả của các chính sách của Putin[24]

Gần 10 năm thực hiện chính sách tái thiết nước Nga, Putin đã ổn định đáng kể tình hình đất nước, giúp cho xã hội quay lại hoài niệm về cường quốc Xô viết, đồng thời ông cũng công kích Mỹ và các nước phương Tây. Phương Tây thì cáo buộc ông kiểm soát chặt chẽ truyền thông và trấn áp những người đối lập.